La chiesa, edificata negli anni "40" del XVIII secolo nel sito precedentemente occupato da un altro edificio religioso, come lascia intuire la sezione inferiore della torre campanaria con base "a scarpa", tipica delle torri del XVI secolo, si inserisce nel panorama di grande fervore ricostruttivo che caratterizzò i primi decenni del settecento. Animatore di questo fervore fu don Andrea Cavalli che, insieme ai personaggi di spicco della confraternita del S.S. Sacramento, dei quali faceva parte il capitano del castello Don Lucio Massimino, volle emulare le splendide cappelle degli Oratori delle confraternite palermitane, come già in provincia avevano fatto i confrati dell'Oratorio di Santa Maria della Catena a Militello V.C., e quelli del Santissimo Sacramento di Acicatena. La chiesa venne dedicata al Patriarca San Giuseppe, ma, oltre al titolare, vi veniva venerato il patrono dei pescatori, S. Francesco di Paola, al quale era stato dedicato l'altare della parete sud e la cui statua (ora scomparsa) veniva portata in processione nel giorno della festività. La chiesa ebbe anche la funzione di cappella funeraria, perché, come hanno evidenziato i lavori di ripavimentazione eseguiti negli anni "70", possiede una cripta delle stesse dimensioni della navata, occupata lungo le pareti da tombe gentilizie, alcune delle quali accusate nelle pareti della navata sovrastante dai rispettivi cenotafi, e nell'ambiente ipogeo corrispondente al presbiterio, dalla tomba comune della Confraternita del S.S. Sacramento "Sub Sancti Mauri Titulo", come recita una lapide del 1762 recuperata dallo scrivente durante i lavori di restauro degli anni settanta. La chiesa, immortalata nei disegni dei grandi viaggiatori del settecento, da Saint-Non a J. Houèl, fino al compagno di viaggio di Goethe, H. Kniep, giaceva da alcuni decenni in uno stato di semi-abbandono: il sisma del 1908 l'aveva privata della svettante guglia maiolicata del campanile ed arrecato seri danni alle strutture, sfuggita per caso ai bombardamenti del 1943 è stata ancora danneggiata dal sisma del 1990. Ma, più degli eventi naturali, è stata l'incuria degli uomini a permettere il degrado dell'intero ambiente e la perdita di parte degli affreschi, attribuibili a Gianbattista Piparo, che decoravano il presbiterio. I primi interventi di restauro furono intrapresi negli anni "70" dall'allora parroco Mons. Salvatore Sinatra che affidò ad Angelo Cristaudo le tre grandi pale d'altare con la Sacra Famiglia, San Francesco di Paola e San Filippo Neri che erano sul punto di degradarsi in modo irreparabile. Nel 1994 si decise di far intervenire la soprintendenza.

( Santo Castorina - Arte e fede nelle Chiese di Acicastello  - Opuscolo fatto stampare dalla Congregazione "S. Mauro Abate" nel gennaio del 1999 )

     Paolo Muscarà nel suo libro "Il Castello d'Aci nella leggenda e nella storia" scrive :
 

     Senza dubbio i secoli XVII e XVIII sono stati quelli in cui la fede ebbe il suo massimo splendore e di questo abbiamo certezza considerando il gran numero di chiese che in quel pe­riodo si costruivano dovunque. In Sicilia, Catania sta alla testa di tutte le città con ben 116 chiese, seguita nella nostra pro­vincia da Aci Reale ed in misura minore dagli altri paesi vicini.  
    Aci Castello non ha voluto essere di meno e sebbene ormai avesse la sua grande chiesa, che, in relazione all'esiguo numero degli abitanti, poteva considerarsi una Cattedrale, ha voluto averne un'altra. E questa fu la chiesa dedicata al Patriarca.  Ebbe quasi un secolo di vita gloriosa e fu adibita, come del resto lo furono tutte le chiese dell'epoca, a cimitero. E questo fino al 1885, anno in cui si inaugurò il Campo Santo attuale. 
    Da quell'epoca cominciò la sua decadenza ed in principio di questo secolo la troviamo in completo abbandono. Si apriva soltanto nella ricorrenza delle novene di S. Giuseppe. Chiesa di modeste dimensioni e fattura, con affreschi sulla volta, di qualche interesse artistico, ormai quasi cancellati dalla mano del tempo e dagli uomini.
   

        Il campanile aveva una bella guglia piramidale, che si è dovuta demolire perché pericolante per le lesioni riportate a seguito del terremoto del 1908.
   Data la forma della sua costruzione e le caratteristiche della chiesa, tutto l'insieme è stato dichiarato monumento nazionale.